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医療言語処理講座

2019年6月12日水曜日

Pyゼミ0.02 Windows10でAIしたい

Windows10でSpiderやJupiter Noteを使ってAIやってみる。


Keyword:Windows10, WinPython, Spider、Jupiter Note、Chainer、Python

ゼミナールではUnix上で開発や実験をしていましが,やはり初学者が最初に取り掛かるには少し敷居が高いかもしれません。

本学の実習室のOSはWindowsなので,学内で簡単にPythonやAIを試せる環境を構築できないか検討していたところ,WinPythonを見つけました。

WinPythonはPythonによる開発環境を提供してくれます。もちろん必要なライブラリも簡単にインストールして利用可能です。すばらしい。

また,USBメモリに入れて持ち運ぶことができます。ますます素晴らしい。

私が試したところではWindows7ではPython開発環境のSpyderなど起動できませんでした。おすすめはWindows10になります。


ダウンロードしてUSBメモリに保存する


すでにAI開発環境をインストールしたWinPython(約880MB)をダウンロードします。


ダウンロードしたファイルを解凍します。

解凍後のフォルダをUSBメモリに保存して,他のPCに挿して実行できます。

とても便利です。

Winディレクトリに中に以下のディレクトリがあります。

  • 1.01readDicom~3.04dicomNN...Pythonのソースコードと関連するファイルが保存されています。
  • dcomdir1...テスト用のDICOM画像が保存されています。
  • dicmdir2...訓練・テスト用のDICOM画像が4つの部位(Head,Chest,AbdomenとLung)に分けて保存されています。
  • WinPython63bit3.7 / WPy-3710...Pythonの開発環境用のプログラムが保存されています。



USBメモリから起動する


WinPythonには人気のあるPython開発環境が実装されています。

WinPython63bit3.7 / WPy-3710の中には以下のようなプログラムがあります。



人気のSpiderやJupter NoteをつかってPythonで開発がすぐできます。


必要なライブラリをあらかじめインストールしました。


Pyゼミナールで使う以下のライブラリをインストールしてあります。
  • Anaconda(numpy 1.14.6,PyQt5など) 
  • Chainer 5.2.0
  • OpneCV 4.0.0
  • pydicom 1.2.2

Pyゼミナールで提供するソースコードを使ってすぐに実験可能です。


DICOM画像を表示してみる


PyQtで作成したGUIを使ってDICOM画像を表示します。

例えばSpyderを使って,2.01PyQt dicomDisplayのdicomDisplay.pyを開いて実行ボタンをクリックすると画像が表示できます。


DICOM画像の部位を分類のタスクを学習しテストする


頭部,胸部,腹部と肺野の4つの部位を学習し,分類のテストを行います。

dcmdir2ディレクトリ内の画像を使って,3.04dicomNNディレクトリ内のdicomNNtrain.pyを使って部位分類の訓練を行います。

学習したモデルを使い,dicomNNtest.pyでテストをおこないます。

テスト結果の平均正答率がコンソールに表示されます。

また,推論結果がresultディレクトリにJPEG画像が保存されます。

JPEG画像ファイル名は,推論した部位名から始まるファイル名で保存されています。


まとめ


Windows10でのAI環境をWinPython使って作成しました。

簡単な実験が行え,USBメモリに入れて持ち運べるので便利です。

私はオープンキャンパスに使っています。



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